2000年5月20日，北大附中深圳南山分校诞生在雄伟的南山脚下，旖旎的珠江口左岸。它是北京大学、香港科技大学和深圳市政府三方合作的深港产学研基地的基础教育发展项目，是深圳市南山区教育局和北京大学附属中学联合创办的集小学、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校。

　　建校之初，北京大学校长许智宏挥毫题词“继承北大传统，创办一流名校”加以勉励。自此，北大精神扎根南国发荣滋长，琅琅书声伴随特区天籁齐鸣。

　　北大附中深圳南山分校东依科技园，西眺伶仃洋，北出南头关，南抵蛇口港，是南山区一所全新的现代化、花园式学校。南山区山海景致迷人，半岛风情浓郁；经济文化繁荣，科技、教育力量雄厚；深圳湾大桥从海上飞跨香港，沿江西部通道贯穿珠三角腹地。在三十年改革开放发展成果的强劲支撑下，南山区政府继续解放思想，锐意突破创新，以国际化眼光定位城市发展模式，以率先姿态倾力打造广东省教育示范强区。北大附中深圳南山分校坐拥如此得天独厚的区位优势和卓越的人文地理环境，可谓物华天宝，钟灵毓秀。

　　经历九年风雨彩虹，北大附中深圳南山分校在特区教育这片肥沃的土壤里，已经根深叶茂，华盖擎天。她以“培养人格健全、学力宽厚、具有中国灵魂世界眼光的现代人”为目标，高屋建瓴，特色彰显，开拓了“广东省一级学校”、“广东省首届十佳民办学校”“国家首届教育科研百强校”、“广东省高中教学水平评估优秀学校”、“南山区教育现代化示范校”的辉煌之路，沃灌着一颗颗在北大文脉的熏陶中、在自主发展的精神家园里健康成长的快乐心灵，造就出一批批思想活跃、富于理想、敢于置疑、勇于创新的莘莘学子。如今，在已经毕业的5届初中生，3届高中生当中，有五十多人以优异成绩先后考入英国剑桥大学、美国图兰大学、加拿大多伦多大学、澳大利亚悉尼大学、日本早稻田大学等国外知名学府深造，有二百多人考入国内北大、清华、中国人大、香港大学等重点大学学习。在九年成功的素质教育实践和跨越式发展中，学校办学优势和办学成果亮点纷呈，2006年荣获“深圳市高考成绩优秀奖”政府嘉奖，历年中考成绩始终位居南山区前茅，成为南山区“教育系统先进单位”、“校园文化建设特色学校”、“校园安全工作先进单位”。今天，北大附中深圳南山分校以其自身强大的优质教育品牌优势和扎实办学形成的良好社会声誉，在深圳特区民办基础教育领域成为一面领军的旗帜。

　　北大附中深圳南山分校高品位的校园文化同样彰显不凡。全校教职工的教育追求是“让每一位学生身心舒展地生活着，言无畏惧地尝试着，充满幻想地期待着。”于是在菁菁校园，既闪烁着文学艺术的灿烂星光，也跳跃着科学技术的激越音符，还交汇着一道道璀璨夺目的运动风景。母语节、科技节、英语节、体育节、艺术节……6大校园节日色彩斑斓；未名文学社、少年科学院、英语俱乐部、儿童书画院、女足俱乐部、戏剧表演社……15个学生社团交相辉映；武术、健美操、乒乓球、网球、钢琴、古筝、书法、版画、航模、刺绣、养蚕、手工、轮滑……98门选修课程缤纷炫目；写作、辩论、演讲、主持、口语、动漫、合唱、书法、绘画、定向越野、篮球、小发明……各种学科竞赛硕果累累。于是在菁菁校园，催生和培养了一大批令附中人骄傲的优秀人才。他们当中，有“第二届世界华人艺术节”钢琴大赛儿童组金奖得主、应邀赴维也纳表演钢琴的吴江桦同学，有在芝加哥ISI世界花样滑冰大赛夺得金牌的康霓、许慧怡同学，有在“全国蒲公英青少年艺术新人”总决赛中获得两项金奖的敖道锴同学，有在“全国少年儿童艺术风采展示”中荣获四顶桂冠的许可同学，有出演多部影视剧、中国唱片公司签约少年歌手莫诗旎同学，有只身探秘黄河源考察绢蝶时发现珍稀植物、被《南方都市报》赞誉为“高中独行侠”的张云舜同学，还有在科技发明活动中获得国家发明专利的呼树奇、林子豪、陈永槟、曾思琛同学……可谓群星璀璨，奇葩屡绽。据统计，仅最近三年来，学生及社团获得国家、省、市、区级各类竞赛奖励和荣誉多达1068多项次。未名园的天空，云蒸霞蔚，流光溢彩。于是在菁菁校园，每一位莘莘学子不断提升文化素质，陶冶人格情操，展示个性特长，从而具备着灵敏的创造力，丰富的想象力，坚韧的意志力，高度的责任感等优良品质。魅力附中，成为众多成功人士优秀子女心驰神往的文化聚落。