北京师范大学南山附属学校创办于2000年9月，是北京师范大学和深圳市南山区人民政府按照“国有联办、委托管理、自主办学”的崭新体制合作兴办的一所十二年一贯制的现代化公立学校。
学校坐落在蛇口半岛的深圳湾畔，拥有小学部、中学部两个相对独立的校园，占地总面积约6.7万平方米。学校建筑风格通透明朗、现代开放，蕴含着高雅纯洁、健康向上的人文精神。学校先进的教学设备，一流的多功能厅室、运动场馆，齐全的生活配套设施，为学生营造了一个优美、舒适、健康、文明的学习生活环境，为学生张扬个性、发展潜能、提高综合素质提供了广阔的舞台。
自创办以来，学校依托北师大雄厚的教育资源和先进的教育理念，在市区两级政府和教育局的关怀下，与时俱进，努力探索新时期中小学教育和发展的新模式。学校一直坚持“全面实施个性化素质教育”的办学理念，即重在一切从学生原本的实际情况出发，在承认共性的同时尊重个性差异，强化个性优势，提升综合素质，为不同天赋、潜能、气质、性格及来自不同文化背景的学生最大程度地发挥自己的潜能搭建舞台。
建校十年来，学校在教师队伍建设、课程改革、校园文化建设、教育信息化、德育模式等方面都取得了令人瞩目的成绩，打造了一个全新的基础教育实验园地。目前，学校共有87个教学班，在校学生约3929人。学校共有320名教职员工，其中专任教师281名。其中，特级教师6名，高级职称教师58名；教师学历达标率为100％，其中硕士研究生19人。校长杜中臣系北京师范大学哲学学士、逻辑学硕士、法学博士，于2006年进入北京师范大学教育管理学院博士后流动站工作。在杜中臣校长的领导下，学校以“师生的共同发展为本”的经营教育理念打造了一支师德好、观念新、水平高、结构合理的教师队伍；在科研强师兴校的发展战略及立足课堂的课程改革中，学校涌现了一大批在省内外有影响的学科带头人和相当数量有价值、高水平的科研成果。学生在各级学科竞赛、特长比赛以及中高考中取得了骄人的成绩。
经过十年的跨越式发展，学校先后通过了区一级、市一级、省一级学校评估，并先后被评为全国中小学思想道德建设活动先进单位、全国中小学信息技术道德教育示范学校、广东省现代教育技术实验学校、广东省绿色学校、中国篮协青少年篮球后备人才培训基地、国家级篮球项目传统学校、全国射箭重点学校等；2007年被评为深圳市高考先进单位；2008年以高分通过广东省普通高中教学水平评估。被省市评估组的专家盛赞为一所让“政府放心、家长认可、学生热爱、教师向往、同行尊重的现代化学校”。