南头城学校坐落在著名的南头古城中，创办于1801年，至今有200多年的建校历史。学校前身是清代的“凤岗书院”，至今有200多年的历史，是深圳市历史最悠久的学校。学校先后用名“新安县凤岗书院”、“新安县凤岗小学堂”、“宝安县立第一高等小学”、“宝安县莲城小学”、“宝安县九街小学”， “深圳市南山区南头城小学”，2021年9月升级为九年一贯制学校，更名为深圳市南山区南头城学校。作为一所百年老校，传承、创新、发展是学校肩负的责任。南头城学校与南头古城相互融合，互生共助，办古城人民满意的学校是学校的使命。学校坚守“做好学生引路人，落实立德树人”的根本任务，以“文化育德”，以课程育人。

　　学校先后荣获全国生态文明教育示范学校、广东省依法治校示范校、广东省巾帼文明岗、广东省绿色学校、 广东省艺术教育特色学校、深圳市书香校园、第一批“深圳市推进现代学校制度建设先进校”、深圳市市民身边好学校、深圳市中小学“智慧校园”示范学校、深圳市优秀节水校园、深圳市德育示范学校、南山区家庭教育示范学校、南山区智慧德育先进单位、南山区首批课程建设基地学校、南山区先进基层党组织等称号。