深圳市少儿医保缴费按每学年度(当年9月份至次年8月份)一次性缴费，通过银行账户托收，缴费标准为本市上年度在岗职工月平均工资×0.8%×12个月。以2012学年为例，缴费标准为每人442元（4595×0.8%×12），其中个人缴纳202元，财政补助240元（未按要求提供本市计划生育证明的，不享受财政补助）。
深户新生儿自入户之日起1个月内申报参保的，缴费从出生月份开始计算到次年8月份，并自出生之日起享受医疗保险待遇；自入户之日起1个月后申报的，从缴清费用的次月起享受医疗保险待遇。除新生儿外，首次参保的其他非在园在校深户少儿，缴费从申报当月开始计算到次年8月份，从缴清费用的次月起享受医疗保险待遇。