上海、重庆启动房产税改革试点，在学界引起的另一大争议是：1986年国务院颁布的《中华人民共和国房产税暂行条例》规定，对个人所有非营业用的房产免征房产税。在国务院并未对这一条例做出修改的情况下，启动面向个人住房征税的房产税改革试点是否合法？
北京大学财经法研究中心主任刘剑文认为，1986年的房产税暂行条例是依据全国人大常委会有关授权决定，由国务院颁布的。随着20多年的经济发展，房产已成为个人财富的重要组成部分，这就需要房产税制度根据情况变化进一步改革完善。 “国务院常务会议同意部分城市进行改革试点，有利于改革的稳步进行。”刘剑文说。
全国政协委员、山东经济学院教授郭松海建议，考虑到房产税是一个重要税种，可由国务院在总结房产税征收实践经验的基础上，向全国人大常委会提交有关法律草案，把房产税纳入国家法律调整的范畴。