据深圳教育局公布，如果不对考生的学籍和就读情况加以限制，就可能出现投机性非正常转学现象，或者学籍与考生就读学校分离的“挂读”现象。为了杜绝这些现象，规范义务教育办学行为，维护招生的公平公正，《指标生分配方案》对报考指标生的考生学籍和就读情况作了明确规定：
第一，现在我市初中学校就读的学生报考指标生，必须从发文（指《印发<关于深圳市2011年高中阶段学校招生考试工作的意见>的通知》，深教〔2011〕145号）之日起至初中毕业一直在报名所在初中学校就读，2011年报考的，须取得该校初三学年学籍；2012年报考的，须取得该校初二、初三两个学年的学籍；2013年报考的，须取得该校三个学年的学籍。上述学生在文件下发之后转学的，不再享有指标生报考资格。
第二，从2014年起，报考指标生须从初一年级第一学期起一直在报名所在初中学校就读，且取得该校三年学籍。
第三，今后从市外转入我市初中学校就读的学生报考指标生，须从初三年级第一学期起已在报名所在初中学校就读，并取得该校学籍（从市外转入我市初中学校就读后再在市内转学的学生，不再享有指标生报考资格）。
此外，因指标生分配以我市初中学校报名参加中考的人数为依据，对报考指标生的学籍和就读情况有严格的规定，指标生名额也是分配到我市各初中学校，所以文件规定，“往届生和在市外初中学校毕业的深圳户籍考生不参加指标生名额分配”。