据深圳教育局公布，考生填报指标生志愿与普通生同步进行，符合指标生报考条件的考生均可报且限报1个指标志愿，其他志愿按普通生志愿填报。填报志愿前，市教育局将公布各高中学校的招生计划（含指标生招生计划），各高中学校的指标生名额分配到初中学校的具体情况，也将详细公布。在网上填报中考志愿时，符合指标生报考条件的考生，可在第一批次的8个志愿中，填报1个指标生志愿，第一批次的其它7个志愿以及其它批次的志愿按普通志愿填报。
在正式录取前，招考部门将通过指标分配系统，在分配给初中学校的指标生名额范围内，根据考生的指标志愿和中考成绩等条件，筛选出各初中学校指标生入围考生。高中学校录取指标生设最低控制线，该控制线不低于本校普通生录取线30分。录取时，首先在中招录取系统中对入围指标生的指标志愿作相应技术标识，然后将指标志愿连同非指标志愿，与普通生一起划线投档。各初中学校所获指标生计划没有完成的自动失效，各试点高中学校未完成的指标生计划自动转为普通生计划进行录取。
指标生报名、填报志愿、筛选入围、划线投档等具体操作办法，市招考部门将向各初中学校作详细解读和具体布置，初中学校也将对考生报考进行具体指导。